В основе взаимодействия Музея изобразительных искусств РК и системы образования находится многоуровневая образовательная музейно-педагогическая программа «Здравствуй, музей!». Программа предложена Государственным Русским музеем (г.Санкт-Петербург) для апробации в образовательных учреждениях Российской Федерации. Она разработана авторским коллективом под руководством Б.А.Столярова, заведующего Российским центром музейной педагогики и детского творчества Русского музея, доктора педагогических наук, профессора.
Музей является инициатором проведения эксперимента по апробации программы в г.Петрозаводске. В 2010 году 20 образовательных учреждений получили статус муниципальных центров апробации и успешно реализовали программу первого учебного года.